De portefeuille bekostiging gaat over de manier waarop het hoger onderwijs in Nederland wordt gefinancierd. Op dit moment bestaan de inkomsten van de Nederlandse universiteiten en hogescholen uit drie geldstromen. De grootste en belangrijkste geldstroom hiervan is de rijksbijdrage, een vast bedrag dat instellingen jaarlijks ontvangen van de overheid. De tweede geldstroom komt vanuit de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) en de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW) en is bedoeld voor specifieke onderzoeksprojecten. Overige inkomsten, zoals vanuit het bedrijfsleven, vormen de derde geldstroom. Om de kwaliteit van het onderwijs in stand te houden en te verbeteren, is het voor universiteiten en hogescholen erg van belang om voldoende middelen binnen te krijgen.

De wijze waarop de instellingen worden bekostigd heet nominale bekostiging. Nominale bekostiging houdt in dat instellingen voor hbo-studenten vier jaar lang geld van de overheid ontvangen en voor wo-studenten drie jaar voor hun bachelor en voor de duur van hun master. Zodra studenten, om wat voor reden dan ook, langer dan de nominale duur over hun studie doen ontvangen instellingen geen bekostiging meer vanuit de overheid voor deze studenten. Het ISO is van mening dat dit een rendementsmaatregel is die instellingen stimuleert om de studieduur van studenten zo kort mogelijk te laten zijn. Instellingen worden door deze regeling als het ware ‘gestraft’ voor het opleiden van kwetsbare groepen, tweede kans studenten en switchers. Ook worden instellingen niet bekostigd voor het aanbieden van schakeltrajecten en pre-masters. Het ISO pleit voor een bekostiging van de schakeltrajecten en een verruiming van de nominale bekostiging.